Program Studi S1 Teknologi Hasil Pertanian (THP) Universitas Papua berdiri pada 26 September 2001 untuk mengembangkan pendidikan tinggi teknologi pengolahan hasil pertanian di Papua dan Indonesia Timur. Pendiriannya dilatarbelakangi besarnya potensi sumber daya pertanian, perkebunan, perikanan, kehutanan, dan komoditas lokal Papua yang belum dimanfaatkan secara optimal.

Awalnya, program studi ini berada di bawah Fakultas Pertanian dan Teknologi Pertanian. Kurikulumnya saat itu berfokus pada ilmu dasar pertanian, ilmu pangan, teknologi pengolahan, pascapanen, teknik proses, dan manajemen industri pertanian.

Tonggak kelembagaan penting terjadi pada Agustus 2015 ketika Fakultas Teknologi Pertanian (FATETA) berdiri sebagai fakultas mandiri dan menaungi program studi ini.

Dari sisi kurikulum, program studi mula-mula menerapkan kurikulum berbasis KKNI yang menekankan capaian pembelajaran lulusan (CPL). Kurikulum kemudian disesuaikan dengan kebijakan Merdeka Belajar–Kampus Merdeka (MBKM) yang memberi pengalaman belajar lebih fleksibel dan kontekstual. Kini program studi menerapkan kurikulum berbasis Outcome-Based Education (OBE) yang menjadikan ketercapaian CPL sebagai fokus utama.

Kurikulum OBE disusun melalui evaluasi yang melibatkan pemangku kepentingan internal dan eksternal, termasuk tracer study dan standar PATPI, serta tetap berorientasi pada pemanfaatan potensi lokal Papua. Seluruh perjalanan ini mencerminkan komitmen program studi menghasilkan lulusan yang unggul, adaptif, inovatif, dan berkontribusi nyata bagi pembangunan pertanian, agroindustri, ketahanan pangan, serta pengembangan potensi daerah, khususnya di Papua.